JEP - Auto SAR-AT-496-2026 del 22 de junio de 2026

1 S E C C I Ó N D E P R I M E R A I N S T A N C I A P A R A C A S O S D E A U S E N C I A D E R E C O N O C I M I E N T O D E V E R D A D Y R E S P O N S A B I L I D A D E X P E D I E N T E L E G A L I: 0 0 0 1 1 6 45 2 . 2 0 2 4 . 0 . 0 0 . 0 0 0 1 / 0 0 0 1

REPÚBLICA DE COLOMBIA

JURISDICCIÓN ESPECIAL PARA LA PAZ

TRIBUNAL PARA LA PAZ

SECCIÓN DE PRIMERA INSTANCIA PARA CASOS DE AUSENCIA DE

RECONOCIMIENTO DE VERDAD Y RESPONSABILIDAD

SUBSECCIÓN 5

AUTO SAR-AT-496-2026

INCIDENTE DE VERIFICACIÓN

RÉGIMEN DE CONDICIONALIDAD

Bogotá D.C., 22 de junio de 2026

Radicado SAJ: 0001164-52.2024.0.00.0001/0001

Compareciente: Asunto:

Magistrada sustanciadora: JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA Informar que la decisión SAR AI -038 de 2026 se encuentra debidamente ejecutoriada

REINERE DE LOS ÁNGELES JARAMILLO CHAVERRA

I. ASUNTO POR RESOLVER

La Magistrada Sustanciadora de la Subsección 5ª de la Sección de Primera

encuentra debidamente ejecutoriada

REINERE DE LOS ÁNGELES JARAMILLO CHAVERRA

I. ASUNTO POR RESOLVER

La Magistrada Sustanciadora de la Subsección 5ª de la Sección de Primera Instancia para casos de Ausencia de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad (SAR) de la Jurisdicción Especial para la Paz (JE P), procede a informar que la decisión SAR AI -038 de 2026, mediante la cual declaró, entre otros, la exclusión de JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA del Sistema Integral para la Paz, se encuentra debidamente ejecutoriada.2 S E C C I Ó N D E P R I M E R A I N S T A N C I A P A R A C A S O S D E A U S E N C I A D E R E C O N O C I M I E N T O D E V E R D A D Y R E S P O N S A B I L I D A D E X P E D I E N T E L E G A L I: 0 0 0 1 1 6 45 2 . 2 0 2 4 . 0 . 0 0 . 0 0 0 1 / 0 0 0 1

II. ANTECEDENTES PROCESALES RELEVANTES

1. El teniente coronel (r) del Ejército Nacional, JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA fue vinculado ante la JEP por hechos relacionados con ejecuciones ilegítimamente presentadas como bajas en combate. Actualmente concurren 3 escenarios jurídicos relevantes, así: primero: un proceso adversarial transicional en curso; segundo, sentencias ejecutoriadas de la justicia penal ordinaria y; tercero:

presentadas como bajas en combate. Actualmente concurren 3 escenarios jurídicos relevantes, así: primero: un proceso adversarial transicional en curso; segundo, sentencias ejecutoriadas de la justicia penal ordinaria y; tercero: vinculación activa al Caso 008 en etapa dialógica en la Sala de Reconocimiento de Verdad, de Responsabilidad y de Determinación de los Hechos y Conductas

(SRVR).

2. Mediante Auto SAR -AI-024 del 27 de marzo de 2026 1, la Subsección 5º de la SAR avocó conocimiento del incidente, conforme con lo señalado en el artículo 67 de la Ley 1922 de 2018. Se corrió traslado para pruebas entre el 16 y el 22 de abril del presente año 2, las cuales fueron resueltas mediante auto SAR -AT-377 del 27 de abril siguiente3.

3. El traslado para alegatos se surtió entre el 7 y el 21 de mayo del año en curso4, periodo en el que se pronunció exclusivamente el Fiscal 5º delegado ante el Tribunal de la Unidad de Investigación y Acusación (U IA)5. Las demás partes e intervinientes guardaron silencio. El fiscal analizó el testimonio de JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA en el juicio seguido contra el Coronel (r) PUBLIO HERNÁN MEJÍA GUTIÉRREZ, identificando contradicciones en sus afirmaciones. Con base en ello, solicitó declarar el incumplimiento grave del régimen de condicionalidad por no aportar verdad.

4. Con posterioridad al vencimiento del término de traslado para presentar alegatos, la defensa del co mpareciente JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA solicitó la

aportar verdad.

4. Con posterioridad al vencimiento del término de traslado para presentar alegatos, la defensa del co mpareciente JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA solicitó la nulidad del auto mediante el cual la Subsección avocó conocimiento del incidente de verificación del régimen de condicionalidad, alegando falta de competencia y vulneración del debido proceso. Sostuvo que la S ala de Reconocimiento de Verdad, de Responsabilidad y de Determinación de Hechos

1 Cfr. Folios 1 a 63 – Expediente legali No. 0001164-52.2024.0.00.0001/0001. 2 Cfr. Folio 767 – Expediente legali No. 0001164-52.2024.0.00.0001/0001. 3 Cfr. Folios 1222 a 1232 – Expediente legali No. 0001164-52.2024.0.00.0001/0001. 4 Cfr. Folio 1439 – Expediente legali No. 0001164-52.2024.0.00.0001/0001. 5 Cfr. Folio 1440 a 1450 – Expediente legali No. 0001164-52.2024.0.00.0001/0001.3 S E C C I Ó N D E P R I M E R A I N S T A N C I A P A R A C A S O S D E A U S E N C I A D E R E C O N O C I M I E N T O D E V E R D A D Y R E S P O N S A B I L I D A D

D E A U S E N C I A D E R E C O N O C I M I E N T O D E V E R D A D Y R E S P O N S A B I L I D A D E X P E D I E N T E L E G A L I: 0 0 0 1 1 6 45 2 . 2 0 2 4 . 0 . 0 0 . 0 0 0 1 / 0 0 0 1

y Conductas (SRVR) perdió competencia para promover el incidente una vez remitió el expediente a la UIA y, por extensión, que la SAR tampoco podía conocer del asunto, más aún cuando el proceso ya avanzaba en la ruta adversarial y se encontraba próximo a audiencia preparatoria.

5. El Mediante Auto SAR AI-038 del 9 de junio de 2026 6, la Subsección 5ª de la SAR resolvió, entre otros, excluir a JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA del Sistema Integral para la Paz.

5.1. Tras valorar integralmente el material probatorio, la Subsección concluyó que JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA incumplió de manera grave e injustificada el Régimen de Condicionalidad (RC), en particular su obligación de aportar verdad plena, razón por la cual resulta procedente su exclusión de la JEP. El compareciente no realizó aportes efectivos, novedosos ni útiles sobre la víctimas comprometidas en las sentencias ejecutoriadas; persistió en desconocer la verdad judicialmente establecida , reprodujo narrativa s estigmatizantes sobre la víctimas, minimizó la condición de dis capacidad de JORGE ANDRÉS BELTRÁN

comprometidas en las sentencias ejecutoriadas; persistió en desconocer la verdad judicialmente establecida , reprodujo narrativa s estigmatizantes sobre la víctimas, minimizó la condición de dis capacidad de JORGE ANDRÉS BELTRÁN CORTÉS; y cuestionó actuaciones válidamente incorporadas al expediente, en contravía de los deberes de buena fe y lealtad procesal.

5.2. Asimismo, determinó, además, que el incumplimiento carece de justificación y responde a una decisión consciente y sostenida de no asumir los compromisos adquiridos con el Sistema. Pese a haber ha sido vinculado a distintos escenarios procesales, requerido por las autoridades de la JEP y contar con oportunidades suficientes para ajustar su conducta y contribuir al esclarecimiento de la verdad, mantuvo una postura de negación y evasión incompatible con las exigencias del RC. En consecuencia, concluyó que las medidas menos grav osas resultaban insuficientes para garantizar el cumplimiento de obligaciones.

5.3. Finalmente, la Subsección consideró que la exclusión supera el juicio de proporcionalidad al constituir una medida necesaria y estrictamente proporcionada para preservar la integridad del sistema y protegen los derechos de las víctimas . E n consecuencia , ordenó la remisión de los procesos a las autoridades competentes conforme con lo previsto en la ley 1922 de 2018 y

6 Cfr. Folios 1522 a 1624 – Expediente legali No. 0001164-52.2024.0.00.0001/0001.4

S E C C I Ó N D E P R I M E R A I N S T A N C I A P A R A C A S O S

S E C C I Ó N D E P R I M E R A I N S T A N C I A P A R A C A S O S D E A U S E N C I A D E R E C O N O C I M I E N T O D E V E R D A D Y R E S P O N S A B I L I D A D E X P E D I E N T E L E G A L I: 0 0 0 1 1 6 45 2 . 2 0 2 4 . 0 . 0 0 . 0 0 0 1 / 0 0 0 1

recordó que la suspensión de los términos de prescripción operó únicamente durante el tiempo en que el asunto permaneció conocimiento de la JEP.

6. Mediante constancia del 18 de junio de 2026 7, la Secretaria de la SAR certificó

que:

[…] el AUTO SAR -AI-038-2026, proferido por los Honorables Magistrados de la Sección de Ausencia de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad del Tribunal Para la Paz, dentro del INCIDENTE DE VERIFICACIÓN RÉGIMEN DE CONDICIONALIDAD , fue notificado en estrado, el día (09) del mes (junio) de 2026, cobrando ejecutoria el día 17 del mes (junio) del 2026 a las 5:30 p.m, sin que se que haya interpuesto recurso alguno.

III. CONSIDERACIONES

7. Como quiera que el Auto AI -038 de 2026 se encuentra debidamente ejecutoriado, habida cuenta de que ninguno de los sujetos procesales interpuso recurso dentro del término legal, la decisión adoptada por la Subsección 5ª de la

7. Como quiera que el Auto AI -038 de 2026 se encuentra debidamente ejecutoriado, habida cuenta de que ninguno de los sujetos procesales interpuso recurso dentro del término legal, la decisión adoptada por la Subsección 5ª de la SAR ha adquirido firmeza y, en consecuencia, produce todos sus efectos jurídicos. En tal virtud, resulta imperativo comunicar su ejecutoria al Juzgado 2º de Ejecución de Penas y Medidas de Seguridad de Bogotá, a la SRVR (Caso No. 08, subcaso : Ariari -Guayabero, Guaviare, Caguán, Florencia y zonas aledañas

(AGGCF+) y Caso 003 subcaso Costa Caribe), a la SDSJ, a la Sección de Revisión, a la Sección de Apelación y a la Relatoría de la JEP , para que cada una de esta s autoridades adopte las medidas que correspondan en el ámbito de sus respectivas competencias.

8. En esa comunicación se informará que mediante Auto AI -038 de 2026 la

Subsección 5ª de la SAR, resolvió:

[…] PRIMERO: NEGAR la solicitud de nulidad presentada por la defensa.

SEGUNDO: DECLARAR que el Teniente Coronel (r) del Ejército

Nacional, JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA, identificado con C.C. No.

7 Cfr. Folio 1690 – Expediente legali No. 0001164-52.2024.0.00.0001/0001.5

S E C C I Ó N D E P R I M E R A I N S T A N C I A P A R A C A S O S

9009,9011, 8984, 9012, 8108, 9007 y 8554.

SÉPTIMO: NOTIFICAR esta decisión al compareciente JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA, a su defensora, a las partes e intervinientes especiales dentro del proceso adversarial 0001164-52.2024.0.00.0001, el Caso No. 08, subcaso: Ariari-Guayabero, Guaviare, Caguán, Florencia y zonas aledañas

(AGGCF+) y Caso 003 subcaso Costa Caribe, conforme lo previsto en el artículo 67 de la Ley 1922 de 2018.6 S E C C I Ó N D E P R I M E R A I N S T A N C I A P A R A C A S O S D E A U S E N C I A D E R E C O N O C I M I E N T O D E V E R D A D Y R E S P O N S A B I L I D A D E X P E D I E N T E L E G A L I: 0 0 0 1 1 6 45 2 . 2 0 2 4 . 0 . 0 0 . 0 0 0 1 / 0 0 0 1

OCTAVO: COMUNICAR la presente decisión al Juzgado 2º de Ejecución de Penas y Medidas de Seguridad de Bogotá, a la SRVR, a la SDSJ, a la Sección de Revisión, a la Sección de Apelación y a la Relatoría de la JEP, para lo de su competencia.

En mérito de lo expuesto, la Magistrada Sustanciadora de la Subsección 5 de la

S E C C I Ó N D E P R I M E R A I N S T A N C I A P A R A C A S O S D E A U S E N C I A D E R E C O N O C I M I E N T O D E V E R D A D Y R E S P O N S A B I L I D A D E X P E D I E N T E L E G A L I: 0 0 0 1 1 6 45 2 . 2 0 2 4 . 0 . 0 0 . 0 0 0 1 / 0 0 0 1

93.373.113 de Ibagué, Tolima, incumplió gravemente y de forma injustificada su régimen de condicionalidad, específicamente la condición esencial de acceso y permanencia en el Sistema Integral para la Paz, consistente en aportar verdad plena.

TERCERO: Como consecuencia de lo anterior, EXCLUIR al Teniente Coronel (r) JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA, identificado con C.C. No. 93.373.113 de Ibagué, Tolima, del Sistema Integral para la Paz.

CUARTO: DECLARAR que el Teniente Coronel (r) JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA ha perdido los tratamientos especiales y beneficios otorgados por las autoridades judiciales y administrativas —ordinarias y transicionales—, en desarrollo del Acuerdo Final para la Terminación del Conflicto y la Construcción de una Paz Estable y Duradera , así como la posibilidad de acceder a otros.

QUINTO: DISPONER la reversión y remisión inmediata del proceso 18001-31-07-001-201800333-00 tramitado por el Juzgado 1º Penal del

posibilidad de acceder a otros.

QUINTO: DISPONER la reversión y remisión inmediata del proceso 18001-31-07-001-201800333-00 tramitado por el Juzgado 1º Penal del Circuito Especializado de Florencia (Caquetá), para que, una vez en firme la presente decisión, continúe la fase de juzgamiento contra JOSÉ PASTOR RUIZ MAHECHA, por la presunta comisión de los delitos de homicidio en persona protegida, porte ilegal de armas de uso privativo y detención ilegal y privación del debido proceso.

SEXTO: REMITIR POR COMPETENCIA , a la Unidad de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario de la Fiscalía General de la Nación, el proceso adversarial 0001164 -52.2024.0.00.0001 que se adelanta en la SAR por la presunta comisión de los delitos de homicidio en persona protegida y desaparición forzada, tipificados como crímenes de lesa humanidad de asesinato y de desaparición forzada de personas de los artículos 7(1)(a) y 7(1)(i) del Estatuto de Roma, y crimen de guerra de homicidio del artículo 8(2)(c)(i) del mismo instrumento. Lo anterior, para que una vez cobre firmeza la presente determinación, adelante con la investigación correspondiente. Es de señalar que al interior de ese proceso se encuentran incorporadas las investigaciones que en su momento adelantó esa Unidad identificadas con los números 8988, 8986, 9014, 9009,9011, 8984, 9012, 8108, 9007 y 8554.

SÉPTIMO: NOTIFICAR esta decisión al compareciente JOSÉ PASTOR

Sección de Revisión, a la Sección de Apelación y a la Relatoría de la JEP, para lo de su competencia.

En mérito de lo expuesto, la Magistrada Sustanciadora de la Subsección 5 de la Sección de Primera Instancia para casos de Ausencia de Reconocimiento de Verdad y Responsabilidad,

IV. RESUELVE

PRIMERO: COMUNICAR, para lo de su competencia, al Juzgado 2º de Ejecución de Penas y Medidas de Seguridad de Bogotá, al Juzgado 1º Penal del Circuito Especializado de Florencia (Caquetá), a la SRVR (Caso No. 08, subcaso: Ariari-Guayabero, Guaviare, Caguán, Florencia y zonas aledañas (AGGCF+) y Caso 003 subcaso Costa Caribe) , a la SDSJ, a la Sección de Revisión, a la Sección de Apelación y a la Relatoría de la JEP, que el Auto AI-038 de 2026 se encuentra debidamente ejecutoriado , tal como se explica en los numerales 7 y 8 de esta determinación.

SEGUNDO: ORDENAR a la Secretaría de la SAR que tan pronto regrese el proceso adversarial 0001164 -52.2024.0.00.0001 de la Sección de Apelación, proceda a cumplir de manera inmediata lo ordenado en el numeral 6º del Auto AI-038 de 2026.

TERCERO: ANEXAR a la presente comunicación copia del Auto AI-038 de 2026, para los efectos que correspondan en el ámbito de la competencia de cada autoridad.

COMUNÍQUESE y CÚMPLASE,

TERCERO: ANEXAR a la presente comunicación copia del Auto AI-038 de 2026, para los efectos que correspondan en el ámbito de la competencia de cada autoridad.

COMUNÍQUESE y CÚMPLASE,

REINERE DE LOS ÁNGELES JARAMILLO CHAVERRA

Magistrada