TA MET - Sentencia 08-2025-00018-01 (09-04-2026)

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Tribunal Administrativo del Meta

Sala de decisión oral cuatro

Magistrada Ponente: Nohra Eugenia Galeano Parra

Villavicencio, 9 de abril de 2026.

Radicación: 50001-33-33-008-2025-00018-01.

Medio de control: Nulidad y restablecimiento del derecho.

Demandante: Joanna Lorena Cubillos Castañeda.

Demandado: Fiscalía General de la Nación.

Asunto: Reconocimiento de la bonificación judicial como factor salarial. Se confirma la sentencia apelada.

Sentencia de segunda instancia

Encontrándose el asunto al despacho para proferir sentencia y advirtiéndose la posibilidad de alterar el turno 1, la sala 2 decide el recurso de apelación interpuesto por la parte demandada contra la sentencia proferida el 24 de octubre de 2025, por el Juzgado 601 Administrativo Transitorio de Villavicencio, que falló lo siguiente:

PRIMERO: INAPLICAR para el caso concreto, y en virtud de la excepción de inconstitucionalidad, la expresión “y constituirá únicamente factor salarial para

1 «En relación con el derecho de turno es necesario tener en cuenta que los artículos 63 A de la Ley 270 de 1996, adicionado por el artículo 16 de la Ley 1285 de 2009 , y 18 de la Ley 446 de 1998, determinan que los jueces deben proferir las sentencias en el mismo orden en que hayan pasado los expedientes al despacho para tal fin, y que la alteración de dicho orden puede realizarse, excepcionalmente, entre otras causales, en atención a su especial trascendencia social y por carecer

los expedientes al despacho para tal fin, y que la alteración de dicho orden puede realizarse, excepcionalmente, entre otras causales, en atención a su especial trascendencia social y por carecer de antecedentes jurispruden ciales, cuando su solución sea de interés público o pueda tener repercusión colectiva». Consejo de Estado, Sección Tercera, Subsección C, auto del 3 de julio de 2018, radicado: 7300123-31-000-2012-00227-01(50949), Consejero ponente Jaime Orlando Santofimio Gamboa. 2 La Sala es competente para conocer de la presente apelación de conformidad con el artículo 153 de la Ley 1437 de 2011.2

la base de cotización al Sistema General de Pensiones y al Sistema General de Seguridad Social en Salud” contenida en el artículo 1 del Decreto 382 de 2013, así como en los demás decretos que se expidieron reproduciendo tal disposición, y en su lugar se acudirá al principio constitucional de equidad para revisar el sistema de remuneración de los funcionarios y empleados (planteado en el parágrafo del artículo 14 de la Ley 4 de 1992) y a los principios de protección al salario consignados en el artículo 53 de la CP.

SEGUNDO: DECLARAR la existencia del acto ficto o presunto, ante la configuración del silencio administrativo negativo, en relación con la petición formulada por la actora el 11 de abril de 2024, al ser ineficaz el Oficio No. 30900261 del 03 de mayo de 2024.

TERCERO: DECLARAR la nulidad del acto ficto o presunto surgido del silencio

formulada por la actora el 11 de abril de 2024, al ser ineficaz el Oficio No. 30900261 del 03 de mayo de 2024.

TERCERO: DECLARAR la nulidad del acto ficto o presunto surgido del silencio administrativo negativo por la no resolución de la petición formulada por la parte demandante el 11 de abril de 2024, de conformidad con lo dispuesto en la parte motiva de esta providencia.

CUARTO: Como consecuencia de lo anterior, y a título de restablecimiento del derecho, CONDENAR a la NACIÓN – FISCALÍA GENERAL DE LA NACIÓN a reconocer y pagar a JOANNA LORENA CUBILLOS CASTAÑEDA, quien se identifica con la cédula de ciudadanía Nro. 1.032.372.976, las diferencias derivadas de la reliquidación de todas las prestaciones sociales pagadas y causadas, así como la liquidación y pago de las que se sigan causando, teniendo en cuenta la inclusión de la bonificación judicial devengada, como factor salarial, sumas que serán reconocidas con efectos fiscales a partir del 11 de abril de 2021, durante los periodos de vinculación laboral (lega l y reglamentaria) con la entidad y mientras devengó o devengue la referida bonificación, de acuerdo con lo señalado en la parte considerativa de esta providencia.

Se efectuarán los descuentos por concepto de aportes a pensión y salud por las diferencias no cotizadas, siempre y cuando estos hagan parte del ingreso base de cotización.

QUINTO: DECLARAR probada parcialmente la excepción de prescripción trienal contemplada en el artículo 41 del Decreto 3135 de 1968, respecto de los

cotización.

QUINTO: DECLARAR probada parcialmente la excepción de prescripción trienal contemplada en el artículo 41 del Decreto 3135 de 1968, respecto de los derechos que le pudieran corresponder a la demandante con antelación al 11 de abril de 2021, conforme a lo expuesto en la parte motiva de esta providencia.

SEXTO: DAR cumplimiento a esta sentencia en los términos establecidos para ello por los artículos 192 y 195 del CPACA.3

SÉPTIMO: A las sumas que resulten a favor de la parte demandante se les debe aplicar la indexación en los términos señalados en el artículo 187 del CPACA, conforme a los lineamientos emitidos en la parte considerativa de esta decisión.

OCTAVO: Sin condena en costas.

[…]

1. Antecedentes

1.1. Posición de la parte demandante3

La señora Joanna Lorena Cubillos Castañeda promovió el medio de control de nulidad y restablecimiento del derecho contra la Fiscalía General de la Nación.

Solicitó inaplicar la expresión del Decreto 382 de 2013 que limitó la bonificación judicial como factor salarial exclusivamente para aportes en salud y pensión, y pidió declarar la nulidad del acto ficto derivado del silencio administrativo negativo por la falta de contestación a la reclamación administrativa presentada el 11 de abril de 2024. Como consecuencia de lo anterior, solicitó la reliquidación de las prestaciones sociales, con la inclusión de la bonificación judicial como factor salarial.

Indicó que mantiene una relación legal y reglamentaria con la Fiscalía General de la Nación desde el 22 de junio de 2016, desempeñándose actualmente como

de las prestaciones sociales, con la inclusión de la bonificación judicial como factor salarial.

Indicó que mantiene una relación legal y reglamentaria con la Fiscalía General de la Nación desde el 22 de junio de 2016, desempeñándose actualmente como Asistente de Fiscal II, y que la entidad demandada no respondió la reclamación administrativa, razón por la cual se configuró un silencio administrativo negativo.

Sostuvo que los actos acusados vulneran la Constitución Política, el Código Sustantivo del Trabajo y diversos convenios de la Organización Internacional del Trabajo, al desconocer la naturaleza salarial de un emolumento que se percibe de manera habitual, periódica y como retribución directa del servicio.

Finalmente, afirmó que el Decreto 382 de 2013 resulta contrario a la Constitución Política, en la medida que restringió injustificadamente la bonificación judicial a la base de cotización en salud y pensión, excluyéndola de la liquidación de las prestacion es sociales, pese a haber sido creada como un

3 Expediente digital SAMAI. Demanda, folio 66. Pág. 1 a 40.4

mecanismo de nivelación salarial, lo que derivó en la afectación de sus derechos laborales y económicos.

1.2. Posición de la parte demandada4

La Fiscalía General de la Nación contestó la demanda y sostuvo que los actos administrativos acusados se profirieron en estricto cumplimiento de lo dispuesto en el Decreto 382 de 2013, el cual conserva plena vigencia.

En consecuencia, se opuso a la prosperidad de las pretensiones y propuso, entre otras, las excepciones de inexistencia de la obligación, cumplimiento de un deber

en el Decreto 382 de 2013, el cual conserva plena vigencia.

En consecuencia, se opuso a la prosperidad de las pretensiones y propuso, entre otras, las excepciones de inexistencia de la obligación, cumplimiento de un deber legal, cobro de lo no debido, buena fe y prescripción laboral.

La entidad afirmó que actuó dentro del marco de las competencias asignadas por la Ley 4.ª de 1992, que faculta al Gobierno Nacional para fijar el régimen salarial y prestacional de los servidores públicos, y reiteró que el Decreto 382 de 2013 fue expedido como resultado de un proceso de concertación orientado a la nivelación salarial del sector judicial, bajo criterios de equidad, gradualidad y proporcionalidad, atendiendo la jerarquía, funciones y responsabilidades de los cargos.

En ese sentido, sostuvo que la limitación del carácter salarial de la bonificación judicial a los efectos de cotización en salud y pensión no vulnera el ordenamiento jurídico ni los derechos laborales de la demandante.

1.3. Sentencia apelada5

El juzgado declaró la nulidad del acto ficto o presunto derivado del silencio administrativo negativo frente a la reclamación presentada por la demandante el 11 de abril de 2024, al estimar ineficaz el Oficio 30900-261 del 3.° de mayo de

2024. Adicionalmente, inaplicó la restricción contenida en el artículo 1.º del Decreto 382 de 2013 y ordenó la inclusión de la bonificación judicial como factor salarial para efectos de la reliquidación de las prestaciones sociales de la demandante.

4 Expediente digital SAMAI. Contestación demanda, folio 21.

Decreto 382 de 2013 y ordenó la inclusión de la bonificación judicial como factor salarial para efectos de la reliquidación de las prestaciones sociales de la demandante.

4 Expediente digital SAMAI. Contestación demanda, folio 21. 5 Expediente digital SAMAI. Sentencia, folio 16.5

Señaló que, el artículo 14 de la Ley 4.ª de 1992 impuso al Gobierno Nacional el deber de revisar y nivelar la remuneración de los funcionarios y empleados de la Rama Judicial y de la Fiscalía General de la Nación, mandato que se materializó con la expedición del Decreto 382 de 2013, mediante el cual se creó la bonificación judicial como un mecanismo de nivelación salarial, aun cuando se limitó su carácter salarial únicamente a los efectos de cotización al sistema de seguridad social en salud y pensión.

Precisó que, de conformidad con el artículo 1.º del Convenio 095 de la OIT y el artículo 127 del Código Sustantivo del Trabajo, constituye salario toda suma que recibe el trabajador como contraprestación directa del servicio, sin que la denominación del pa go resulte determinante. En ese orden, sostuvo que la bonificación judicial ostenta naturaleza salarial, en tanto se percibe de manera habitual, periódica y regular, y retribuye directamente la labor desarrollada por la demandante.

Finalmente, declaró probada parcialmente la excepción de prescripción trienal establecida en el artículo 41 del Decreto 3135 de 1968, respecto de los derechos laborales que le pudieran corresponder a la demandante con antelación al 11 de abril de 2021, por lo que lo decidido en la sentencia tendría efectos fiscales a partir de esa fecha.

laborales que le pudieran corresponder a la demandante con antelación al 11 de abril de 2021, por lo que lo decidido en la sentencia tendría efectos fiscales a partir de esa fecha.

1.4. Recurso de apelación6

La Fiscalía General de la Nación interpuso recurso de apelación contra la sentencia de primera instancia y sostuvo que el Decreto 382 de 2013 conserva plena vigencia y validez jurídica, en tanto fue expedido por el Gobierno Nacional, en ejercicio de la facultad conferida por los artículo s 150 de la Constitución Política y la Ley 4.ª de 1992 para fijar el régimen salarial y prestacional de los servidores públicos. En ese sentido, afirmó que no le es dable a la administración desconocer ni modificar el alcance de una norma que se encuentra amparada por el principio de legalidad.

Adujo que, si bien la bonificación judicial puede encuadrarse dentro de una noción amplia de salario, ello no implica automáticamente que deba reconocerse como factor salarial para la liquidación de prestaciones sociales, pues

6 Expediente digital SAMAI. Recurso de apelación, folio 22.6

corresponde al legislador, o a quien haga sus veces, definir de expresamente cuáles emolumentos integran dicha base.

Sostuvo que el extender los efectos salariales de la bonificación judicial más allá de lo previsto en el decreto reglamentario desconoce la libertad de configuración normativa, altera el régimen prestacional aplicable a los servidores de la Fiscalía General de la Nación y desconoce precedentes de la Corte Constitucional y del Consejo de Estado, que avalan la posibilidad de restringir efectos salariales de determinados pagos.

General de la Nación y desconoce precedentes de la Corte Constitucional y del Consejo de Estado, que avalan la posibilidad de restringir efectos salariales de determinados pagos.

Finalmente, alegó que la decisión apelada desatiende el mandato de sostenibilidad fiscal, al ordenar el reconocimiento de sumas no previstas presupuestalmente, razón por la cual solicitó revocar la sentencia de primera instancia y, en su lugar, negar en su integridad las pretensiones de la demanda.

2. Consideraciones

En los términos del recurso de apelación, la sala decidirá si es procedente inaplicar parcialmente el artículo 1.º del Decreto 382 de 2013 y demás normas que lo modifiquen y sustituyan, bajo la premisa de que la bonificación judicial creada para los servidores públicos de la Fiscalía General de la Nación, entre ellos la demandante, debe constituirse como factor salarial para efectos de la liquidación de las prestaciones sociales, como lo dispuso el juzgado, o si, por el contrario, no opera la excepción de inconstitucionalidad y la referida bonificación judicial no tiene la connotación de factor salarial, y, en consecuencia, deben negarse las pretensiones, conforme lo solicita la entidad recurrente.

2.1. Análisis del caso

La Ley 4.ª de 1992 asignó al Gobierno Nacional la función de fijar el régimen salarial y prestacional de los servidores públicos con criterios de equidad y nivelación. En desarrollo de esta atribución se creó la bonificación judicial para los funcionarios de la rama judicial y la Fiscalía General de la Nación, como mecanismo orientado a corregir desigualdades en la remuneración de este sector.

nivelación. En desarrollo de esta atribución se creó la bonificación judicial para los funcionarios de la rama judicial y la Fiscalía General de la Nación, como mecanismo orientado a corregir desigualdades en la remuneración de este sector.

La Corte Constitucional, en la sentencia C -244 de 2013, señaló la falta de proporcionalidad en la pirámide salarial del sector judicial. Destacó que los magistrados de las altas cortes recibían ingresos superiores a los de tribunales y jueces unipersonales . Para corregir esas diferencias, el Gobierno y los7

representantes del sector judicial suscribieron el acta de acuerdo del 6 de noviembre de 2012, que dispuso una nivelación salarial progresiva con una inversión de $1.22 billones entre 2013 y 2018.

El Decreto 382 de 2013 formalizó la bonificación judicial como factor salarial, pero la limitó únicamente a la base de cotización del sistema de pensiones y salud. La norma la excluyó de la liquidación de prestaciones sociales y estableció que el monto de la bonificación debía ajustarse cada año según el IPC proyectado y certificado por el DANE, con el fin de preservar su valor real.

La bonificación judicial fue objeto de modificaciones posteriores a través de los decretos 442 de 2020, 986 de 2021, 471 de 2022, 903 y 1581 de 2023, y 299 de

2024. Todos ratificaron que constituye factor salarial solo para efectos de cotización en pensión y salud, sin que haga parte del cálculo de prestaciones sociales. Pese a ello, se mantiene la discusión jurídica sobre la validez de esta exclusión, a la luz de las disposiciones constitucionales y legales que regulan el

cotización en pensión y salud, sin que haga parte del cálculo de prestaciones sociales. Pese a ello, se mantiene la discusión jurídica sobre la validez de esta exclusión, a la luz de las disposiciones constitucionales y legales que regulan el concepto de salario.

En el caso de la bonificación judicial, creada por los decretos 382 y 383 de 2013, el Consejo de Estado, consideró que este cumple con los criterios para ser considerada salario. Por ende, inaplicó la disposición que limitaba su carácter exclusivamente a c otizaciones al sistema de pensiones y salud, y ordenó su inclusión en la base para la liquidación de prestaciones sociales. Esta postura se fundamentó en los principios constitucionales de equidad, primacía de la realidad sobre las formas y la protección d e los derechos laborales consagrados en el artículo 53 de la Constitución Política7.

El Consejo de Estado enfatizó en que la bonificación judicial fue diseñada para materializar una nivelación salarial, ya que aceptar lo contrario implicaría transgredir los límites impuestos al Gobierno Nacional en la Ley 4.ª de 1992 y desconocer principios como la progresividad y la justicia social8.

Así, se colige que la postura actual del Consejo de Estado consiste en que la bonificación judicial constituye factor salarial al corresponder a una suma que habitual y periódicamente percibe el servidor, y, por ende, avala la inaplicación

7 Consejo de Estado, Sección Tercera, sentencia del 21 de noviembre de 2022. Conjuez ponente Sol Marina de la Rosa, Rad. 76001233300020160133201 (66117) (AG). 8 Consejo de Estado, Sección Segunda, sentencia del 6 de abril de 2022, Conjuez ponente Carmen

Marina de la Rosa, Rad. 76001233300020160133201 (66117) (AG). 8 Consejo de Estado, Sección Segunda, sentencia del 6 de abril de 2022, Conjuez ponente Carmen Anaya de Castellanos. Rad. 76001233300020180041401 (0470-2020).8

de la expresión «[…] y constituirá únicamente factor salarial para la base de cotización al Sistema General de Pensiones y al Sistema General de Seguridad Social en Salud […]», contenida en el artículo primero de los Decretos 382 de 2013 y 383 de 2013, según corresponda, y demás normas que lo modificaron, y la consecuente inclusión del mismo para la reliquidación de las prestaciones sociales».

Bajo las anteriores consideraciones, la sala resuelve el asunto objeto de análisis.

• El caso concreto:

En el presente caso, se encuentra acreditado que la señora Joanna Lorena Cubillos Castañeda mantiene una relación legal y reglamentaria con la Fiscalía General de la Nación desde el 22 de junio de 2016, y que, a partir de esa fecha ha percibido mensualmente la bonificación judicial9.

Las constancias de devengados y deducidos obrantes en el expediente permiten establecer que dicho emolumento reviste un carácter habitual y periódico, lo cual evidencia que reúne los elementos que configuran la noción de salario, en los términos del artículo 127 del Código Sustantivo del Trabajo10.

Como se expuso previamente, el Consejo de Estado ha sostenido de manera reiterada que la bonificación judicial constituye salario, en tanto corresponde a una suma que el servidor percibe de forma regular como contraprestación directa del servicio. Bajo est a interpretación, la corporación ha indicado que resulta

reiterada que la bonificación judicial constituye salario, en tanto corresponde a una suma que el servidor percibe de forma regular como contraprestación directa del servicio. Bajo est a interpretación, la corporación ha indicado que resulta procedente inaplicar la expresión contenida en el artículo 1.º de los Decretos 382 y 383 de 2013, según la cual, la bonificación se computa «únicamente» para efectos de cotización en pensión y salud, por ser contraria a la Constitución Política y al concepto material de salario.

En consecuencia, lo decidido por el Consejo de Estado, en la sentencia del 6 de abril de 2022, impone reconocer, en este caso, que la bonificación judicial debe

9 Expediente digital SAMAI. Constancia de servicios prestados, folio 1. https://samaicore.consejodeestado.gov.co/api/DescargarProvidenciaPublica/5000123/500013 33300820250001800/EF573A8E4AF67F008B74C7EEF8EEFDAC81F15AD2E165900F0A5102 34C01BCC59/2 10 Expediente digital SAMAI. Demanda, folio 66. Pág. 59 a 65. https://samaicore.consejodeestado.gov.co/api/DescargarProvidenciaPublica/5000123/500013 33300820250001800/443B951067A5EF749D86DD5520932F367A7794D04D554BB05E4DA48

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incluirse como factor salarial, no solo para la base de aportes al Sistema de Seguridad Social, sino también para la reliquidación de las prestaciones sociales a cargo de la entidad demandada. De esta manera, se garantiza la primacía de la realidad sobre las formas, la equidad en el régimen salarial y la efectividad de

Seguridad Social, sino también para la reliquidación de las prestaciones sociales a cargo de la entidad demandada. De esta manera, se garantiza la primacía de la realidad sobre las formas, la equidad en el régimen salarial y la efectividad de los derechos laborales de la demandante.

En ese orden, no prosperan los argumentos de apelación propuestos por la entidad demandada y, en su lugar, la sala confirmará la sentencia apelada, conforme a lo expuesto en la parte considerativa de esta providencia.

2.2. La condena en costas en segunda instancia

En este caso lo procedente sería condenar en costas a la entidad demandada teniendo en cuenta que el recurso de apelación se despacha desfavorablemente, conforme al ordinal 1.º del artículo 365 del CGP.

Sin embargo, al no encontrarse causadas y probadas, como lo dispone el ordinal 8.º ibídem, el despacho se abstendrá de imponer la condena en costas, debido a la inactividad de la parte demandante en esta instancia.

3. Decisión

En mérito de lo expuesto, la sala de decisión oral cuatro del Tribunal Administrativo del Meta, administrando justicia en nombre de la República y por autoridad de la ley,

Falla

1. CONFIRMAR la sentencia apelada, conforme a lo expuesto en la parte considerativa.

2. Sin condena en costas en esta instancia.

3. Ejecutoriada la presente providencia, por secretaría, devolver el expediente al juzgado de origen.

Notifíquese y cúmplase.10

Notifíquese y cúmplase.

[Firmado electrónicamente]11 Nohra Eugenia Galeano Parra Magistrada

expediente al juzgado de origen.

Notifíquese y cúmplase.10

Notifíquese y cúmplase.

[Firmado electrónicamente]11 Nohra Eugenia Galeano Parra Magistrada

[Firmado electrónicamente] [Firmado electrónicamente] Héctor Enrique Rey Moreno Teresa Herrera Andrade Magistrado Magistrada

11 Esta providencia fue discutida y aprobada en Sala de Decisión Oral Cuatro, celebrada el 9 de abril de 2026. Se firma de forma electrónica a través del aplicativo SAMAI, lo cual podrá ser verificado en el siguiente enlace: https://samai.consejodeestado.gov.co/Vistas/documentos/evalidador.aspx o https://samai.azurewebsites.net/Vistas/documentos/evalidador.aspx.